银耳病害分为侵染性病害和非侵染性病害，侵染性病害由病原菌引起，非侵染性病害，有的是生理性病变引起，有的是生产管理失控造成。
1、白粉病 又叫白腐病，病源菌为顶孢头霉。防治办法：加强菇房通风降湿，幼耳发生时可喷石灰硫磺合剂，并提前采收，用利刀连根刮除，耳基可涂抹4％石炭酸溶液，傍晚用50％霉腐剂粉剂烟熏。
2、僵缩病 病原菌茄镰孢霉。防治办法：原料曝晒，配料含水量不应过高60％；穴口揭布前用50％敌敌畏乳油1000倍喷洒杀菌；割膜扩穴后空间湿度不超80％；幼耳阶段发生时，可喷PH8的石灰上清液，成耳期提前采收，并用5％石灰水浸泡清洗后再加工干制。
3、黑蒂头 防治办法；发菌培养不超28℃为好，适时开口割膜扩穴增氧，促进菌丝正常新陈代谢；幼耳阶段喷水宜少宜勤，不宜过量，防止耳基旁积水：同时注意通风换气。
4、烂耳 防治办法：防止培养基变酸，料袋灭菌后注意散热，发菌培养防止超温。长耳阶段控制23－25℃，及时通风，喷水适量，空间相对湿度85－95％之间。幼耳发现烂耳及时摘除、挖基，用石灰水涂擦后，再用100％甲基硫菌灵1000溶液喷洒控制；成耳霉烂提前柴收，并用25％福美双1500倍液涂沫，控制病原菌蔓延。
