黑斑病是一种由假单孢菌引起的细菌性病害。发病后，金针菇菌盖出现椭圆形褐色或深褐色斑点，初为针尖状，扩大后直径达2～4毫米，边缘整齐，有时菌盖开裂。该病以危害菌盖为主，患病的菌盖再传播到相邻的子实体，严重时整个菌盖变成黑色，有轻微的臭味。病重时金针菇失去食用价值。
预防金针菇黑斑病，最重要的是控制好适宜的温度和湿度。对菇房洒水时，不可将水直接洒在金针菇子实体上，特别不可用冷水喷洒，否则会使菌盖因吸水过多而诱发黑斑病的发生。菇房内的湿度不宜长时间超过90%，要看天气变化洒水，晴天洒水要轻、勤、细，阴雨天要少洒或不洒水。每次洒水后先加强通风，然后覆盖地膜。出菇期间室内气温应调至17℃以下。发病后要及时将病菇摘除，并喷洒每毫升含100～200单位的农用链霉素或漂白粉600倍液。
