接种后的菌料袋先在浓石来水中浸一下拿出来培养，以防料袋某些小孔眼或裂缝造成污染。香菇菌袋培养室要尽量做到干净、无菌、无虫害。新菇房除打扫干净外，墙壁四周和地板喷刷一层浓石灰水，门口门里撒一层石灰粉，床架也要用石灰水粉刷一次。旧菇房则要求对四周墙壁、地板加水喷湿，并加湿处理，造成高湿条件，这样可诱导附着在周围的杂菌孢子、厚垣孢子等萌发成菌丝体，害虫也能从休眠中苏醒活动，然后用灭菌剂熏蒸，杀虫剂喷洒。
菌袋排放发菌不能重叠太多，在没有床架情况下（以有床架为好），可以“井”字形排列8-12层，约1米高，利于发菌期间生物热能的散发，防止料温过高。这期间不能压着接种穴，以免影响勇气和菌丝的萌发。发菌头5天内不得搬动或翻动料袋，以免影响菌丝体的吃料和萌发。
一、发菌阶段管理
当菌料袋接种第6天，可将菌种穴木钉分次取出，以利透气，促使菌丝加速生长。
1、菌袋温度控制：菌袋温度控制在适当的范围内，有利于产生优质菇。香菇菌生长最适温度为24-26℃ 。最低温度为5℃ 。最高温度为35℃ ，料温比室温高3-5℃ 。为了产生优质菌丝体，在菌丝生长阶段最好料温控制在24-26℃ 。
2、变温培养：在自然条件下变温培养能达到菌丝抗逆能力增强，并得到优质香菇子实体。
3、注意通风降温：秋初高温季节生产香菇，当培养料接种菌种后，呼吸作用增强，易产生生物热能，此时需将培养室温度控制在比一般室温低3-5℃ 不好，特别要注意前期控制好料温。因此，可根据室温和料温情况，每天开窗通风1-2次，结合疏袋工作，减少叠袋层次，达到降温目的。在搬动中注意轻拿轻放，以防料袋破损。
4、发菌后期管理：当菌丝长满料袋后，必须把温度上升到27-30℃ ，这样可以加速对木质素的分解，确保菌丝积累充足的养分，以促进菌丝的生理成熟。
