目前为止，玉米秆、高粱秆、麦秆等都通过不同的发酵途径被制作成了饲料，棉花秆由于纤维含量较高，发酵难度大，作为饲料适口性差等原因，很少被利用。但经过金宝贝基质营养土发酵剂发酵后的棉秆却是食用菌材料、尤其是双孢菇的优质培养基质，经济和生态效益极高。
棉花秆的发酵对菌种活性要求较高，一般的发酵剂没办法对其进行处理。金宝贝基质营养土发酵剂所含的功能菌，取自深山密林，是经层层筛选、提纯、复壮等工艺制作而成的复合菌群，不仅可对棉花秆进行有效发酵，各种牲畜粪便、秸秆、生活垃圾等也不在话下。
用金宝贝基质发酵剂发酵棉花秆，要预先对棉花秆进行处理。将棉花秆尽量粉碎或切成至少2厘米以下，并搓揉成丝状，以便发酵。然后用2.5公斤尿素兑150~200公斤尿素水或250公斤牲畜粪尿均匀洒在棉花秆中，堆成小堆，直到尿素水浸透后，加盖透气性覆盖物，自然放置24小时。
棉花杆的发酵还要注意条件的掌控。将1公斤金宝贝基质发酵剂用5公斤米糠稀释，均匀撒在堆好的棉花秆推中，并翻倒均匀。调节水份60～70%（判断方法：紧抓一把物料，松开后手上见水印，但不滴水，落地即散为宜），发酵堆顶部加盖透气性覆盖物，做到遮光、透气、避雨。经5～10天发酵后，温度达到55～60度以上时，翻动一次，中间要适当补水。如此2～3次便可完成发酵。
双孢菇具有品质优良，口感好，投资少，效益高等特点。经金宝贝基质营养土发酵剂发酵后棉秆制作的培养基质，内含双孢菇培育的各种营养物质，极易被其吸收利用，是培育双孢菇的上好基质。并且，棉花秆也得到了充分的利用，实现了废弃物的循环再利用，符合十八大报告再次论及的“生太文明建设”，体现了尊重自然、顺应自然、保护自然的理念。
