杏鲍菇的栽培品种应根据市场的需求来选择栽培菌株。目前用于生产的杏鲍菇菌株从形态上可分为两种类型：
（1）棍棒状菌株。子实体棍棒状，菌柄上下粗细均匀，中间和基部无膨大现象，菌柄不粗壮。有一种是原来使用较久的菌株，产品适合出口要求，价格高，保存时间长，但出菇慢，产量较低，且易受细菌感染。近几年推广的棍棒状新菌株是经杂交育种或太空育种选育出来的优良菌株。产品质量好，抗病能力强，产量高。
（2）保龄球形菌株。子实体的菌柄中间膨大，上下较细，形似保龄球。朵形较大，组织疏松，口感较差，产品保存期较短，以内销为主。在适温下栽培产量高。如遇18℃以上高温以及通风不良的环境极易受细菌感染。这种菌不适合用于工厂化栽培。
