猴头抗真菌、抗细菌、抗病毒的能力较强。因此，在栽培过程中发病较少，也较轻。以下简要介绍猴头菇生产中常见的病害及其防治。
猴头菇生产中常见的一种现象是子实体萎缩，即子实体前期生长正常，后来菌刺就萎缩倒伏，菇体皱缩。这是非病原病害，是由于温度过高，空气干燥，子实体缺水而造成的。应及时喷雾菇房空间，提高室内空气相对湿度至85%。
非病原病害是由于不适宜的环境条件或不恰当的栽培措施所引起的。如培养料含水量过高或过低，pH过小或过大。空气相对湿度过大或过小，光线过强或过弱，二氧化碳气体浓度过浓，农药、生长调节物质等使用不当等因素所引起，这类病害是不会传染的。猴头菇发生比较严重畸形菇，就属于这种病害。
猴头菇生产中常见的另一种现象是子实体萎缩后不久又变褐发霉，这是被霉菌侵染，为病原病害。应加强菇房通风，降低室内湿度，并在患处涂抹3%的漂白粉溶液，或1%石灰溶液，防止其蔓延。
病原病害是由于受到有害微生物的寄生而引发的病害，也叫侵染性病害。病原病害具有传染性，所以也叫传染性病害。引起猴头菇发病的生物统称为病原物。病原物主要有真菌、细菌、病毒等。
病原病害防治，除认真执行前面所述综合防治的各项措施外，也可运用药剂防治：
真菌病害：多菌灵1:500倍，或硫酸铜0.5～1%水溶液喷洒，或苯菌灵1:500倍喷洒，或甲基托布津1:500倍喷洒，或百菌清0.15水溶液喷洒，或代森锌0.1%水溶液喷洒。
细菌病害：甲醛5%水溶液喷洒，或石碳酸3%～4%水溶液喷洒，或氯化碳3%水溶液喷雾，或漂白粉0.5%～1%水溶液喷雾，或金霉素1:500倍喷洒。
病毒病害：对患病毒病的菇房清洗消毒；菌丝生长期间料面覆盖，防止病毒侵入。（山西农业大学食用菌科技服务中心 贾静）
