食用菌菌种病害可分为生物侵染和非生物侵染两类型，在这里主要介绍生物侵染引起的病害。由微生物引起的病害有细菌的、放线菌的、酵母菌的、霉菌等。细菌侵染使斜面菌种的菌丝不能正常伸展，并在培养基面上见到糊状或蜡状物，闻到腐臭味。在谷物培养基里使谷物发软、渐变黑褐色，有粘状物，有腐臭味。这些细菌种类有产生芽孢的枯草杆菌、蜡状芽孢杆菌等，这类菌体抗热、抗逆性强，不易杀灭。还有假单孢杆菌、黄色单孢杆菌等。主要是培养基灭菌不彻底或接种不规范或原来菌种带入造成的。放线菌侵染的病害主要有由白色链霉菌、链霉菌、湿链霉菌、诺卡氏菌引起，放线菌早期菌丝体白色，紧密绒毛状，后期产生孢子成粉末状，与培养基的石膏粉粒相似，并有土腥味。酵母菌引起的病害主要有红酵母、橙红酵母等。酵母菌侵染后产生的症状与细菌的相似，但菌落较大，而且多为白色或红色，没有气味或有轻微酒味，多在含糖分高的培养基感染，做好菌种灭菌工作就可防止了。菌种被霉菌污染的主要有青霉、木霉、曲霉、毛霉、根霉、脉孢霉、镰刀菌等微生物。霉菌是丝状的真核生物，菌丝比放线菌粗大，故较易肉眼观察。霉菌污染产生大量白色菌丝，后期因菌种不同而产生青色、青绿色、褐色、黑色、黄绿色、红色、橙红色的分生孢子或孢子囊。一般感染毛霉、根霉、曲霉、脉孢霉的菌种在早期可发现，青霉、木霉多在中后期发现，甚至在菌种成熟贮藏期发现。
食用菌菌种生产中常见害虫是螨类，俗称菌虱。这些螨类体积小，肉眼不易发现，大量繁殖时很多个体堆积在一起呈啡色粉状堆物。螨类可以通过棉塞侵入到菌种中，取食食用菌的菌丝体，所以菌种培养时发现有退菌现象，可能是螨类造成的。
