装好的菌袋可一层层堆积在地面或架子上。气温低时，地面应铺上一层塑料薄膜或麦秸或稻草，以免下层温度太低，菌丝生长不良，一般堆放10～12层；气温高时，堆放2～3层即可，并摆放成品字形垛。夏秋季节（8月下旬至9月下旬）气温高时，垛与垛间应留出宽35～40厘米的人行道，单层摆放，以利通风换气，还要留出一定的空地，以便翻垛用。如果垛温超过30℃，应及时翻垛降温；冬季或早春（11月至翌年2月）堆垛发菌时，可利用堆积菌袋的方法发热保温，促进菌丝发育。方法：堆积菌袋时，垛与垛间只留少许空隙或不留但也不紧挨，每4垛为一堆（垛长为4米左右），然后用塑料布和草苫盖好，堆放在半地下式塑料棚、温室和空屋内均可。另外在棚内或室内应安放一个干湿温度计，以观察棚内或室内温度、相对湿度的变化（温度应控制在20℃～25℃，相对湿度应控制在60%～70%），及时调控，以利菌丝健壮生长。
翻垛是菌丝培养期间的一项重要工作，一般每5～7天翻一次（上、下、里外翻均匀），以使菌丝受温一致，发菌整齐。在翻垛时要注意检查有无杂菌污染，有杂菌污染的可单独放置或处理，不可乱扔乱放。若发现菌丝不吃料，应查明原因（是培养料含水量过大，还是原料发霉变质，或是室温太低、菌种老化等），及时采取措施，妥善处理。冬季棚内或室内需生火，要注意通风换气排出废气。
