食用菌菌种退化是由于菌丝体的遗传物质发生了变异而造成的。表现为菌种突然或逐渐丧失原有的生活力、丰产性能或部分子实体的形态改变。菌丝体生长缓慢，在培养基上出现浓密的白色扇形菌落，对环境条件如温度、酸碱度、二氧化碳量、氧气、杂菌等的抵抗力弱，子实体形成期提前或推后，出菇潮次不明显等现象。
引起菌种退化的原因，其中菌种不纯，自体杂交造成基因突变是主要原因。另外培养条件如温度过高，不同菌株的混合栽培，转管多代次等都会引起菌种退化。
防止菌种退化的措施：1. 保证菌种的纯培养。不用被杂菌污染的菌种，不要用同一食用菌种类的不同菌株混合或近距离相连接培养。2. 严格控制菌种传代次数，减少机械损伤，保证菌种活力。3. 适当低温保存菌种。低温型菌种在摄氏4度如蘑菇、香菇等，高温型在摄氏16度如草菇，有利于保存菌丝体的活力。4. 避免在单一培养基中多次传代，沿着合理的代次、母种、原种、生产种不同类型的培养基，有利提高菌种活力和保持优良性状。5. 菌种不宜过长时间使用，超龄菌种会出现老化，而老化与退化是有机相连的，生活力弱的菌种很容易出现退化。6. 菌种要定期进行复壮，在适温、合适酸碱度、充足氧量、适当漫射光、无杂菌培养等。7. 每年进行孢子分离，以有性繁殖来发现优良菌株，以组织分离来巩固优良菌株的遗传特性。
