秀珍菇栽培过程中常受到多种害虫的危害，包括迟眼蕈蚊、厉眼蕈蚊、褐色克粪蚊、泰纳异蚤蝇、黑腹果蝇和瘿蚊等。这些害虫咬食菌丝体、子实体原基、菌褶、菌柄，造成退菌，原基消失、子实体枯萎腐烂，使秀珍菇的产量和品质受到严重影响。
防止虫源进入菇棚，最有效的方法就是在天窗和大棚围腰设60目防虫网，人员出入口增加防虫网帘。大棚内悬挂黄板、诱虫灯诱杀成虫，黄板上成虫粘满时及时更换，诱虫灯接虫袋及时清理。黄板在诱杀成虫的同时可起到预测害虫高峰期和防治适期的作用。当黄板上成虫数量达到100只以上时，可选择专用杀虫剂在出菇间歇期进行防治。此外，还要及时清理大棚外围的废菌包和杂草，定期用触杀型高效低毒杀虫剂喷雾，以防治大棚外的虫源。
第一潮菇采收结束后补水，将所有菌袋下架倒扣在地面上或周转筐中，充分浇水使菌袋补足水分，利用水面封闭袋口一段时间也可有效杀死袋口的幼虫。
菌袋补水后上架，采用移动式打冷机低温刺激出菇。第二潮菇开始每次采菇结束的补水方式均相同，直至整个生长期结束。
南方地区主要采用大面积的连栋大棚栽培秀珍菇的模式，顶部覆盖彩钢瓦，开有固定的通风口，四周用塑料薄膜覆盖，需要通风时可收起薄膜，地面为水泥地面或土地。由于面积太大，无法使用防虫网，只能依靠大棚内的防控。大棚内悬挂黄板、诱虫灯诱杀成虫，当黄板上成虫数量达到100只以上时，选择专用杀虫剂在出菇间歇期进行防治。
要定期用触杀型高效低毒杀虫剂喷洒大棚周围地面、通风口周围和出入口，第一潮菇开袋采用“一”字型开口方式，开口小，虫害少；第二潮菇开口呈“+“字型进行出菇，害虫逐渐增多，采收结束后袋口全部切掉，整个袋口开放式出菇。
每潮菇采收结束后，采用管道高压雾化喷水或移动式雾化喷水，随后采用移动式打冷机进行低温刺激出菇。在第三、第四潮采收结束，虫口数量增加时，可在歇菇期喷施专用杀虫剂，以大棚内黄板上的成虫为用药依据。
