1、所谓搔菌就是用搔机(或手工)去除老菌种块和菌皮，这是促使菌丝发生原基的重要措施。通过搔菌，可使子实体从培养基表面整齐发生。在一般情况下，应先搔菌丝生长正常的瓶子，再搔菌丝生长较差的。若有明显污染，以不搔为佳。搔菌方法有平搔、刮搔和气搔几种。平搔不伤及料面，只把老菌扒掉，此法出菇早，杂数多;刮搔老菌种和5毫米的表层料(适合锯末)一起成块状刮掉，因伤及菌丝，出菇晚，朵数减少，一般不用;气搔是利用高压气流把老菌种吹掉，此种方法最简便。
2、搔菌后，应及时进行催蕾处理。此阶段温度应控制在12～13℃，给予足够低温刺激，促使原基形成。但在头3天内，还应保持90%～95%的空气相对湿度，以使菌丝恢复生长。此后由于呼吸转旺，二氧化碳含量升高，所以在菌丝恢复生长后，应逐步加大通风，同时要防止料面干燥，用增湿器进行增湿。催蕾时，每平方米叠放240个瓶子。约7天左右，便可看到鱼籽般的菇蕾，12天左右便可看到子实体雏形，催蕾结束。
