生理性病害：
该类病害发生的主要原因是：菌种退化；菌种感染病毒病菌；栽培原料中含有有害物质；菇棚通风不良，二氧化碳浓度过高；温度及水分管理不当等。 处理措施：属菌种退化等原因时，该批栽培无法解决，下批需更换菌种。感染病毒病菌的，参看本节上述
（一）相关内容，不再赘述。 查基料中所有原辅材料及用水、工具等有否有害成分，比如喷雾器用于喷施杀菌剂等药物后，未予清洗或没有清洗干净，很可能导致该类病害的发生，需对症处理。 猴头菇子实体呈现“秃头”等，是温度过低或幼菇时喷水使菇体长时间带水所致。
根据猴头菇的特性实施温度管理，勿使过低；注意喷水时不使子实体上形成水滴，一般喷水后应强化通风，使菇体上的小水滴在1小时内蒸发掉。 “只长猴毛，不长猴头”，是栽培场所二氧化碳浓度过高所致，可加强通风或强制通风，以降低二氧化碳浓度，并勿使忽高忽低，致子实体生长不匀。 “红色猴头菇”，是湿度偏大、子实体长期带水等原因，尤其在10℃以下环境时，幼菇周身带水时间超过2小时以上，即可发生变色。低温条件下，适当降低空气湿度，宁可降低湿度影响产菇量，也要产出高品质的菇品。
病虫害防治要点：
（1）尽量不使用化学药物，尤其不得对子实体用药后再将菇品进行销售。
（2）任何药物都要符合相关规定，比如“绿色食品药物规定”等。
（3）生产期间的自始至终不得使用多菌灵类药物。
