灵芝菌种是灵芝生产的前提和关键。菌种质量的优劣直接响灵芝的产量和品质，因此选育优良品种十分重要。―个好的灵芝品种，通常具有以下特点：菌丝生长活力旺盛、适应性强，对外界不良环境的抗性强；菌丝生长迅速，抗杂能力强出菇早，周期短，菇形漂亮，朵大，色泽美观等。在同样的 栽培条件下，其产量和质量均高于一般的品种，因而给人们带来 更大的经济效益。目前，食用菌选育种采用的方法主要有人工选择、诱变、交育种等。随着近代生物工程的发展，原生质体融合技术育种新技术也得到了广泛的应用，也是食用菌育种的―大突破，为培育优良菌种提供了更可靠的技术基础，基因工程育种更是分子水平上的革新。
2、人工选择
人工选择也称淘汰法。它是较原始的育种方法，即从自然界有的菌株中通过人工选择，利用人工方法来控制生物的生殖，使生物生殖有选择地进行，从而去劣存优，形成人类所需要的优质新品种。人工选择方法简便，主要有以下几个步骤：
(一) 收集原始品种 根据灵芝的特点，确定采种目标尽可能收集菇形漂亮、朵大，无病虫害等有代表性的菌株。
(二) 分离纯种种菇 采到后，要尽快进行组织分离，以取得纯种。
(三) 测定菌株生理特性 分离后，观察菌丝生长的速度、长势，对温度、湿度、光线等条件的反应，初步了解其生物特性。
(四) 试验对照 采用不同的栽培方法，比较各菌株的生产性能、产量、品质、菇期、温性等各方面进行记录。
(五) 规模试验 对比试验后，选择相对优质的菌株再进行规模化试验，以便进一步选择优良菌株。
(六) 茵株推广试验 经过规模化试验后，进一步确定了菌种的性能，从而可大面积生产，对广大菇农进行示范推广
3、诱变育种
诱变育种是在人工选择上的一种新的进步，它改变了菌株的基因，也实现了基因重组，育种效果更好。
诱变育种的一般方法：
选择出发菌株→制备孢子悬浮液→活菌计数进行诱变处理→涂布培养→挑菌移植→初筛→斜面传代→复筛→选定优种
诱变育种不仅提高了菌株突变率，操作简单，可直接作为筛选优良菌株的方法，而且可为杂交育种、细胞融合提供遗传标记。但也有一定的缺点：缺乏定向性，必须做大量筛选工作。
4、杂交育种
杂交育种的一般方法：
采集与选择亲本→单孢验证→单核菌丝两两配对，进行杂交→结实性能鉴定→生产性能鉴定→扩大规模试验→进行推广示范
杂交育种在诱变育种上又前进了一步，可选育出稳产、高产的优质菌株。但如果将杂种后代进行自交和选择，从自交中进行再选育，可促进后代个体间的分离和优良品种的纯合化，使菌株更稳定，更纯合，更优良。
5、细胞融合工程育种
细胞融合工程是近代生物工程的重要内容，也是遗传育上的一种重大飞跃。在70年代已开始应用于担子菌。1983年，我国开始应用于食用菌的育种。细胞原生质体的融合是通过脱壁后的不同遗传型原生质体，在融合剂的诱导下进行融合，使细胞中的全基因组有效地混合，进行整套基因的交换与重组，从而达到选择新优个体的目的。
细胞融合工程育种的一般方法：
选择亲本→确定亲本的遗传标记→亲本原生质体的分离→原生质体的再生和培养→原生质体的融合→融合体的再生和培养→融合体的检出、筛选
6、基因工程育种
基因工程是分子生物学上的一次技术革新，它是用人工方法把人们所需要的某供体菌株的遗传物质dna分子提取出来，导入到受体菌株的细胞中，使外来供体菌株的优良性状在受体菌株中进行复制和表达，从而获得更高产、优质的菌种。
基因工程育种的一般方法：
供体菌株选择→基因分离→体外重组→载体传递进入受体细胞→重组dna的复制、表达→筛选出新个体
