菌棒腐烂多发生在栽培年数较长的老菇区，其根本原因是竞争性杂菌入侵感染，故一切诱发杂菌入侵感染的因素都会导致菌棒腐烂，归纳起来有以下几个方面。
（1）栽培品种抗逆力减弱：抗逆力减弱是品种种性退化的一种表现，这是菌棒腐烂的内因。一些品种种植多年，种性退化，菌丝生命力减弱，对环境适应能力差，抗杂菌入侵能力下降，竞争性杂菌就能乘虚而入，引起菌棒腐烂。
（2）栽培环境恶劣：栽培环境恶劣导致菌丝生长受阻、抗逆性减弱或衰老死亡、自溶而引起菌棒腐烂。夏季高温、通风不良、消毒药品使用不当、原材料变质等因素也能诱发腐烂。
（3）虫害伤害：菇类害虫从通气孔进入菌棒生长繁殖，直接咬食菌丝体，菌丝体受伤后形成局部高温、高营养环境，使竞争性杂菌入侵感染，形成虫菌交叉感染，导致菌棒腐烂。老菇区虫口密度高，为害重，烂棒也相对较为严重。
（4）刺孔损伤：栽培过程中刺孔通气操作不当，刺孔器械（铁钉、竹签等）直接刺伤菌丝，导致杂菌入侵感染而发生腐烂。
（5）药害损伤菌丝或子实体对多数农药都很敏感，易造成药害损伤。结果虽治了害虫却伤了菌丝，菌棒依然腐烂。
此外，还有因顽固性寄生菌或病毒直接入侵或干扰，而引起菌棒腐烂的情况。
2．菌棒腐烂的防治
菌棒腐烂的防治应以预防为主，治疗为辅，并贯彻于整个栽培管理过程。
(1)选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮。
(2)严格按照食用菌栽培技术规程进行栽培管理
①合理布局品种。依照当地的气候特点，选择适宜的品种。
②搞好栽培场地和环境的卫生，上年度废菌棒要及时清理；老菇场要喷洒杀菌杀虫剂，减少杂菌污染源，降低虫口密度。
③严格控制消毒药品的用量。目前市面上消毒药品含有的有效成份都是相同的，用量以每立方米3-4克为佳，切勿超过6克。
④接种口用蜡或胶带封口，杜绝虫、菌从接种口入侵菌棒。
⑤刺孔通气要规范操作，铁钉直径要小于2毫米，孔深1-1．5厘米，选晴天刺孔，不在瘤状物处刺孔。
⑥合理治虫防病。选用高效、无副作用、无毒、药效长的菇类专用杀虫剂"菇虫净"在第一次刺孔后喷洒一次，隔两个月后再喷一次，就能有效地防治虫害，切不可使用敌敌畏等不宜在食用菌上使用的杀虫剂。
(3)及时对烂棒进行治疗：发现菌棒腐烂现象后，要及时将烂棒拣出另行堆放，以免菌棒间交互感染，并进行下述治疗处理：
①用干净刀片切除腐烂部分，用克霉灵等杀菌剂擦洗病斑切口处和薄膜，然后将薄膜复回，用胶带封死，防止失水和虫、菌再次入侵。这一操作最好在无菌条件下完成。
②在发菌初期开始烂棒的，应果断进行再次菌棒消毒接种(重做)。
