袋栽花菇与常规袋栽所不同的是当菌丝长满袋后不经脱袋，直接搬入菇棚，不脱袋有利于加大菌袋内外的温差和湿差，特别是在高海拔山区，有利保护菌筒免受低温的影响而延长转色的时间，同时可使菌筒不易脱水，在头批菇采收前，可免去灌注水分的麻烦。出菇前后的管理工作，主要的是：
①刺孔增氧 在发菌期间，应及时刺孔增氧，通常刺孔3次，其具体做法与上述双棚中袋春栽法大致相同。
②菌袋上架 当菌筒表层形成红棕色菌膜时，可将菌袋搬人菇棚的菇架上，横放在各层纵横设置的小竹竿上，袋与袋之间保持5～8厘米的距离，使出菇时不至互相挤压而变形。菇棚内地面应先铺覆干的粗沙或盖地膜，以减少因地面的土壤水分蒸发而提高空气相对温度。棚顶的覆盖物适当加厚，防止强烈阳光直射。菌袋排放后，放下菇架四周的薄膜，以保温保湿，并定期通风。经昼夜温差、低温等刺激之后，即逐渐出现菇蕾。
③适时开孔 当菇蕾长至1～1.5厘米时，剪去菇蕾周围 3／4的薄膜，让菇蕾从孔口向外长出。菇蕾发生过密时，要留优去劣，每个菌袋留有4～6朵分布均匀，生长健壮的菇蕾即行，以提高质量。
④调控生态条件 菇蕾生长初期，白天盖膜，夜间揭膜，以加大温差刺激，促使健壮生长。当幼菇长至2.5～3厘米时，疏稀棚顶覆盖物，增加散射光。温度保持在8～16℃，空气相对湿度保持在65％左右。水分管理，掌握宁干勿湿的原则，除了温度过低或雨天需要及时盖膜外，菇架四周悬挂的薄膜，不论昼夜要全揭开，让低温、漫射光和干燥的微风等刺激，促进花菇形成。
海拔800米以上的高山地区，从秋末至春初都能产生花菇。海拔较低山区，花菇集中在冬季产生，当温、湿度到了不适宜产生花菇时，则应脱袋浸水催菇，促使产生一股香菇(非花菇)，以提高香菇总产量。
