食用菌栽培时一般需要调整好培养料的碳氮比，以获得优质高产。因为碳氮比过高或过低都会影响产量。如果培养基碳氮比过高（如稻草碳氮比80：1），在碳素被食用菌全部利用前氮素已被全部消耗，从而使分解速度减慢，原来的食用菌细胞会有一部份死亡，这些菌体蛋白又成为活着的菌丝分解所需的氮源，其结果是出菇早、产量低。有些食用菌能生长在碳氮比非常高的木材基物上，如变色多孔菌，可在树桩上形成子实体。食用菌在缺氮情况下，仅有的氮供给主要代谢过程，如形成核酸和解聚酶。有些食用菌还能再利用衰死菌丝的氮，也就是在老化的菌丝体或子实体生长出新的菌丝体现象。如果培养基碳氮比过低，如鲜草碳氮比15：1，新鲜豆科植物碳氮比低于10：1，超过食用菌所需要的氮，在分解过程中大量的氮被其他生物利用，使食用菌不出菇或出菇延迟。
食用菌菌种的生产主要是为了获得强壮的菌丝体（菌种），故应该首先考虑水、气之间关系协调以及菌丝生长速度的快慢，菌丝体是否强壮，有无杂菌污染等方面的问题，其次再考虑培养基中养分的基本合理性，所以菌种生产不以培养基中的碳氮比为主（当然适当增加氮源会使菌丝更浓白，但相应会增加污染机率）。
