优质菌种的标准
食用菌的种类虽然繁多，但从总体上看，每一个优良菌种均有"纯、正、壮、润、香"的共性。其标准是：
1、菌种的纯度要高，不能有杂菌感染，也不能有其他类似的菌种。
2、菌丝色泽要纯正，多数种类的菌丝应纯白、有光泽，原种、栽培种菌丝应连结成块，无老化变色现象。
3、菌丝要粗壮，分枝多而密，接种到培养基吃料块，生长旺盛。
4、培养体要湿润，与试管（瓶）壁紧贴而不干缩，含水适宜。
5、具有每品种特有的清香味，不可有霉、腐气味。
菌种质量的检验方法
1、外观直接观察鉴定： 对引进菌种，先观察包装是否合乎要求，棉塞有无松动，试管、玻璃瓶和塑料袋有无破损，棉塞和管、瓶或袋中有无病虫侵染，菌丝色泽是否正常，有无发生变化。然后在瓶塞边作深吸气，闻其是否具备特有的香味。原种和栽培种可取出小块菌丝体观察其颜色和均匀度，并用手指捏料块检验含水量是否符合标准。如果菌丝浓白、粗壮、富有弹性，则生命力强；如果菌种菌丝萎缩，干燥无色泽，或菌丝体自溶产生了多量红褐色液体，则生活力已变弱，不宜再用；木块菌种如仍保持硬实，则属于生活力强的菌种，如若木块变得软化松散，则已老化，不宜使用。
2、培养观察鉴定： 对于分离、选育和引进的菌种，通过培养，观察菌丝体对干、湿度和温度等方面的适应特性。如将菌丝体置于偏干、偏湿和干湿相宜的条件下培养，若菌丝在前两种条件下能良好生长，而在干湿相宜的条件下生长最佳，则说明是好菌种。
3、观察菌丝长速：将供测的菌种接入新配制的试管斜面培养基上，置于最适宜的温、湿度条件下进行培养，如果菌丝生长迅速、整齐浓密、健壮有力，则表明是优良菌种，否则即是劣质菌种。
4、液体培养鉴定： 配制2％糖水溶液，经常规灭菌消毒，挑取黄豆粒大的菌块，放入100毫升上述溶液中，置于25-28℃温度下培养3-7天后，若液面出现气泡，产生“油皮”，发生浑浊现象，说明菌种本身有杂菌；如果苗块下沉，或迟迟才长出很薄的菌丝层，则说明菌种生活力弱；如若液面四周的菌丝生长快，且浓白呈棉絮状，则表明菌种生命力强。
5、锯木屑瓶栽鉴定和周期产量鉴定： 瓶栽鉴定的做法与培育栽培的方法相似，把锯木屑培养料装得松一些，适当加大湿度，把需要鉴定的菌种接种于培养基中，做好记录，在26℃恒温下培养15天。然后使温度降至15℃-20℃，并给予较好的散射光条件，再培育半个月左右，在瓶壁和料面上就会出现子实体原基和少量子实体。若未发现杂菌和异常现象，再把菌种接在木段上，做周期产量鉴定。如果子实体生长旺盛，高产优质，具备优良品种特性，并且没有杂菌混生，说明菌种可靠，可以保存并投入大面积生产。
6、显微镜检验：若菌丝透明，呈分枝状、有横隔、锁状联合明显，再加上具有不同品种固有的特征，则可认为是合格菌种。
7、出菇实验检验：经过检验后，认为是优良菌种的，可进行扩大转管；同时可取一部分母种用于出菇（耳）试验，出菇实验常用的方法有瓶栽法和压块法两种，置最适宜温湿条件下培养，观察菌丝生长速度、转管快慢、吃料能力、出菇速度、子实体形态、产量和质量等来综合评价菌种质量优劣。
另外，二级菌种、三级菌种质量的鉴定还可从如下三方面的进行：
1. 凡菌种瓶中出现被吞噬的斑块或直接发现有螨类活动，表明菌种已遭受螨类污染；凡菌种瓶中出现红、黄、黑、绿等各色杂菌孢子，瓶壁出现两种或两种以上明显不同菌丝构成的大大小小的分割区，瓶中散发出各种腐败、发臭等异味，都是遭受霉菌或细菌、酵母等杂菌污染的表现。均应予以淘汰，并及时进行妥善处置。
2. 凡菌种表面出现过厚的、致密的坚韧的菌皮，菌柱发生萎缩、脱壁，菌丝出现自溶现象，菌种底部积存大量黄褐色液体，菌种表面及四周出现过多的原基或耳芽，都是菌种老化或某种生理状况欠佳的表现，不宜使用。
3. 严格剔除上述两类不合格菌种后，余下菌种中，符合该种食用菌的基本特征，且菌柱吃料彻底，上下长透，生长均匀，富有弹性者，即是合格菌种。
需要指出的是，上述二三级菌种的质量鉴定，是针对菌种生产环节本身的质量管理而言的。至于菌种的生产性能，即在高产优质方面的表现如何，不能仅靠上述鉴定结果作出判断，而必须靠出菇试验和栽培实践去检验和证实。
