一、平菇 菌丝洁白，浓密，粗壮，呈绵毛状，有爬壁现象的，为优良菌种。若用木屑培养的菌种，被分解的木屑呈淡黄色，并有少量原基出现的，为优良菌种。若菌丝稀疏或呈束状，棉子壳培养基呈暗红色，木屑培养基发白，菌丝脱离瓶壁并萎缩，菌瓶基部有黄色积液，或培养料表面出现霉点的，为劣质菌种。
二、木耳 菌丝洁白，粗壮，整齐的，为优良菌种。若菌丝稀疏，可见培养料颗粒，在菌丝满瓶之前出现原基，菌瓶基部出现淡黄色积液的，为劣质菌种。
三、金针菇 菌丝洁白，粗壮，或外观呈细粉状，长势良好，后期在培养料上呈丛状，出现子实体的，为优良菌种。菌丝不能向下深入生长，出现吐黄水现象的，为劣质菌种。
四、香菇 菌丝洁白，呈绵毛状，生长均匀，易形成原基的，为优良菌种。瓶内菌丝稀疏，脱壁，萎缩的，为劣质菌种。
五、草菇 菌丝呈白色、透明状的，为幼龄菌种。菌丝呈黄白或灰白色、透明状的，为适龄菌种。上层菌丝萎缩的，为老龄菌种。幼龄和老龄菌种都不能用于栽培。
六、蘑菇 菌丝灰白，微带蓝色，呈细线状的，为优良菌种。菌丝淡黄色，萎缩的，为劣质菌种。
七、猴头菇 菌丝洁白，粗壮，上下分布均匀，在培养基表面易形成子实体，且子实体肉厚的，为优良菌种。菌丝稀疏，纤细，分布不均匀，或瓶底积满黄色黏液的，为劣质菌种。
