在当前食用菌产业升级转型的阶段过程中，比较重要的因素笔者认为是区域性、经贸和创新三个方面。无数事实说明，在食用菌产业发展中都会受到一定程度的区域性竞争优势影响，比如食用菌工厂化就呈现出比较明显的地域集中特征（多集中在食用菌发达的沿海地区如福建省），这些地区产业内部之间规模和集中的联系度较强，上下游关联产业之间存在严格的地域区分范畴差别。
目前，我国一些食用菌地区食用菌工业化的地域集中现象比较典型，比如，与之相对应的食用菌工业化较高档次的研发中心大多也集中分布在中心城区，究其原因，则是因为这些地区是食用菌区域经济、经贸、技术产业群的汇聚地，基础设施比较发达，投资一般大手笔，水平也较高，优势条件促进食用菌产业形成地域集中。在这样一个动态演化过程中，部分食用菌产区借助产业集聚开始具有区域性竞争的强大优势。
食用菌产业升级转型的阶段，旺盛的经贸活力能大大增强一个地区食用菌的发展水平。比如，我国的很多食用菌都在东部沿海开放城市获得巨大的经贸优势，内外贸易的比较优势和相对优势加速促成了食用菌区域产业集群的形成。由于存在市场需求，有地域区位优势的产区开始产生食用菌专业市场，相联产业也逐渐集聚发展，食用菌企业和区域创新能力得到提高，进而反过来强化集聚力、增强创新能力。
我们可以假想在这么一个过程中，其中一个食用菌产区最初已经取得了自我强化的产业化升级优势，而这一优势使该产区的经济效益高于其它产区，然而，由于产品需求的不断上升，增加了食用菌产区的活动水平，从而强化了汇聚，也抬高了成本。随着这一过程的不断推进，地域间的成本差距可能会大到无以为继，这时候，单个企业在另一个食用菌产区发展就会有利可图，这个地区又会开始发展自身的自我强化优势。这里企业选择新的产区发展并不是盲目的，经贸的比较优势和相对优势依然很适用。
促进食用菌新技术形成投入越多的地域会有更多的创新成果产生，新技术的地域性集中提供了促进信息传递、降低创新活动的风险及成本的技术基础。实证估计表明，食用菌产品创新的区位与基本的技术基础设施相关，而技术投入的区域与一个产区的竞争优势是相互增强的，新技术发展越快的产区也是创新越频繁的地区。
食用菌产业的地域集中和产业汇聚是一个动态过程，某一区域的竞争优势促成了产业的地域集中和产业汇聚，反过来，产业的地域集中和产业汇聚又巩固和增强了这个地区的竞争优势。产业的地域集中和产业汇聚呈现出较强的正相关性，它们可能强化区域创新水平，但这二者对创新的推进作用相对较小，创新更多地由人力、技术、管理等因素推动。
由上分析，引导食用菌产业升级转型要注意把握好区域性、经贸和创新三个方面之间的相关关系。
首先，要顺应食用菌产业发展的区域性选择规律，引导东部沿海食用菌发达地区逐步向中西部、东北等欠发达地区转移，扩展经贸发展空间。东部沿海食用菌发达地区食用菌的发展日益受到资源、劳动力等因素的制约，而中西部及东北落后地区在这些方面则具有区域比较竞争优势，适宜承接东部沿海地区的食用菌产业的大转移。
其次，创新食用菌发展环境，发展食用菌产业集群。食用菌专业市场发展成为产业集群是产业汇聚的必然结果，食用菌产业升级转型首先是东部沿海发达地区所面临的一道坎，这些发达地区具有一定的领先优势，现在则需要想尽各种办法，利用各种手段，集中力量发展一批具有国内外竞争优势的食用菌产业集群。
再次，集约食用菌发展要素，提高食用菌创新水平，以创新促发展。如今，食用菌工厂化发展模式已经受到业内人士的广泛认同，由于其集约资金、技术、人力、土地等各项要素，使得所在地的区域创新能力大大增强。当前，应考虑依据区域食用菌产业发展状况，选择若干资源环境承载能力较强、发展潜力较大的食用菌产区建立几条大型产业带，提高区域创新水平，应采取相应措施，积极引导各项要素和产业向这些地区集中。
