国家强制性标准ＧＢ７０９６－１９９６《食用菌卫生标准》规定，食用菌所涉及的指标包括感官指标和理化指标。
感官指标
感官指标是判定食用菌质量好坏的重要依据之一。正常食用菌应具有其固有的外形、色泽和香味，不得混有非食用菌，产品应无异味，无霉变，无虫蛀。
理化指标
食用菌的理化指标包括砷、铅、汞、六六六、滴滴涕含量等５项指标。
铅含量
铅是一种有代表性的重金属，是有蓄积性、多亲和性的毒物，对各组织都有毒性作用，主要损害神经系统、造血系统、消化系统和肾脏，还损害人体的免疫系统，使机体抵抗力下降。婴幼儿和学龄前儿童是铅易感人群。国家标准规定，干食用菌铅含量应≤２．０毫克／公斤，鲜食用菌铅含量应≤０．５毫克／公斤。
汞含量
汞俗称水银，以各种化学形态排入环境，污染空气、水质和土壤，导致对食品的污染。汞的毒性与汞的化学存在形式、汞的化合物的吸收有很大的关系。无机汞不容易吸收，毒性小，一般食品中的汞基本以无机汞形式存在，而有机汞特别是甲基汞容易吸收，故毒性大，一般都存在于被污染的海洋鱼贝类生物中。微量的汞在人体不致引起危害，可经尿、粪和汗液等途径排出体外。如摄入量超过一定量，尤其是甲基汞是属于蓄积性毒物，在体内蓄积到一定量时，将损害人体健康。食品一旦被汞污染，难以彻底除净，无论使用碾磨加工或用不同的烹调方法，如烧、炒、蒸或煮等都无济于事。据调查，吃含汞５～６毫克／公斤的粮食，半个月后即可发生中毒，即使吃０．２～０．３毫克／公斤的含汞粮，半年左右也可发生中毒，可见控制食品中的汞含量十分重要。国家标准规定，干食用菌汞含量应≤０．２毫克／公斤，鲜食用菌应≤０．１毫克／公斤。
砷元素
砷元素在自然环境中极少，因其不溶于水，故无毒，但极易氧化为剧毒的三氧化二砷（即砒霜）。砷的化合物在自然环境中广泛存在，对食品的污染常见有：含砷农药的使用；食品加工时使用了一些含砷的化学物质作原料；工业“三废”排放中常含有大量的砷，引起食品污染。食用菌砷的污染主要来源于土壤和环境。国家标准规定，干食用菌砷含量应≤１．０毫克／公斤，鲜食用菌应≤０．５毫克／公斤。
六六六、滴滴涕
六六六、滴滴涕属有机氯农药，从上世纪４０年代使用以来，在植物保护和卫生防疫方面发挥了重要作用。上世纪６０年代发现其有高残留和污染问题后，上世纪７０年代许多国家相继限用和禁用此种农药，我国于１９８３年停止生产。由于六六六、滴滴涕农药使用后在土壤中的残留期很长，所以，在使用了该农药的几十年后，土壤中还存在其残留物。国家标准规定，干食用菌六六六含量应≤０．２毫克／公斤，鲜食用菌应≤０．１毫克／公斤；滴滴涕应≤０．１毫克／公斤（干、鲜食用菌指标值相同）。
